税務調査が来やすい会社の特徴と、日頃から備えておくべきこと

税務調査という言葉を聞くと、

「うちは大丈夫だろうか」

「万が一来たらどうしよう」

と不安に感じる経営者や個人事業主の方もいらっしゃるのではないでしょうか。

しかし、税務調査は必ずしも「不正を疑われているから来る」わけではありません。仕組みや選ばれやすい傾向、当日の流れを正しく理解し、日頃から適切な帳簿付けを行っていれば、過度に身構える必要はありません。

本記事では、税務調査の基本知識から対象になりやすい会社の特徴、日頃の備え、そして税理士に立ち会いを依頼するメリットまで分かりやすく解説します。

税務調査とは？

税務調査とは、納税者が行った税金の計算や申告が、正確かどうかを確認するために税務署または国税局が検証する手続きのことです。

日本の税制度は、納税者自らが税額を計算・納付する「申告納税制度」をとっています。そのため、意図しない計算ミスや申告漏れ、虚偽申告を防ぎ、課税の公平性を保つ目的で税務調査が行われます。

対象者： 事業を営む法人・個人事業主をはじめ、確定申告が必要な方全般。

実施内容： 調査官が事業所などを訪問し、1〜3日間かけて帳簿や証拠書類を精査します。

調査後の対応： 申告内容に不備や漏れが見つかった場合は、修正申告および追徴課税（追加納税）が必要となります。

税務調査が来る確率と頻度（個人事業主・法人別）

国税庁は「税務調査を受ける確率」を公表していませんが、件数は毎年公表しています。令和6事務年度（2024年7月〜2025年6月）の実績は次のとおりです。

項目	個人（所得税）	法人（法人税・消費税）
実地調査（訪問）の件数	約4万7千件	約5万4千件
簡易な接触（電話・文書など）の件数	約68万9千件	約8万5千件
実地調査1件当たりの追徴税額	241万円	634万円

法人の実地調査の件数を、法人税の申告件数（約322万件）で割ると、1年間に実地調査を受ける割合は約1.7%と試算できます。個人の場合は、申告者全体に比べて実地調査の件数はごくわずかです。

一方で、実地調査が行われた場合は、多くのケースで何らかの申告漏れなどが見つかっています。国税庁はデータ分析で調査の必要性が高い対象を絞り込んでいるため、件数は少なくても、1件当たりの追徴税額は増える傾向にあります。

近年は訪問による実地調査だけでなく、電話や文書で申告内容の見直しを求める「簡易な接触」を組み合わせた調査体制が定着しています。所得税の簡易な接触の件数は、前の年の55万8千件から68万9千件に増えています。

税務調査における3つの最新トレンド

① AI・KSK2（次世代国税総合管理システム）の活用

国税庁は、税目ごとに管理されてきた申告・納税情報を一元的に管理する新しい基幹システム「KSK2」を、2026年9月24日に稼働させました。

紙で提出された申告書もデータ化して、電子申告の情報とあわせて分析できる仕組みへと切り替わっています。税目をまたいだデータの照合がしやすくなるため、不自然な数字や矛盾点がより見つかりやすくなると考えられます。

国税庁はすでに、調査先の選定にAIを活用しています。令和6事務年度には、法人の実地調査の件数が前の年より減った一方で、調査1件当たりの追徴税額は634万円（前年比+15.4%）に増えています。

② 電子帳簿保存法・インボイス制度へのチェック強化

2024年1月からの「電子取引データの保存義務化」に伴い、直近の調査ではデジタルデータの保管状態が強くチェックされるようになっています。特に電子データを隠蔽・改ざんした場合、通常の重加算税に10%加重されるペナルティがあるため、税務調査における主要な確認項目となっています。

さらに、インボイス制度も2026年10月から見直しが始まっています。免税事業者からの仕入れに認められてきた経過措置は、2026年10月1日から控除割合が80%から70%に下がり、その後も段階的に縮小されます（令和8年度税制改正により、当初予定より緩やかなペースに見直されました）。

また、小規模事業者向けの「2割特例」は、2026年9月30日を含む課税期間で終了します（個人事業主は2026年分まで）。個人事業主は2027年分から「3割特例」に移行しますが、法人は一般課税か簡易課税になります。計算方法が切り替わる時期の申告は、誤りが起きやすいため注意しましょう。

③ 簡易な接触による調査の効率化

以前は「税務調査＝1〜3日間の訪問調査」が主流でしたが、現在は税務署側も効率化を進めています。 AI等で判明した単純な計算ミス、控除漏れ、少額な疑義事項については、電話や文書で指摘して自主的な修正申告を求める「簡易な接触」を積極的に活用しています。

税務調査が来やすい時期

税務調査が来る明確な時期は決まっていません。ただし、行政のスケジュールや税務署内の業務サイクルによって、調査が集中しやすい時期とそうでない時期に分かれています。

一番来やすい時期（7月下旬〜11月）： 税務署の人事異動が7月1日に行われるため、新組織が発足して目標を設定する「7月下旬〜11月頃」が年間で最も調査（事前通知）が多くなるでしょう。

比較的来にくい時期（1月〜3月）： 確定申告期（2月中旬〜3月中旬）は税務署の窓口や処理業務が多忙を極めるため、個人事業主の場合は、新規の税務調査が入る件数は減少する傾向にあります。

税務調査の種類とは？「任意調査」と「強制調査」の基本的な違い

税務調査には大きく分けて「強制調査」と「任意調査」の2種類があります。

テレビドラマなどで目にする「突然大勢で押しかけ、資料をダンボールに入れて押収していく」シーンは「強制調査」であり、一般の企業や個人事業主に実施される調査の多くは「任意調査」になります。

強制調査とは

• 担当部署： 国税局査察部
  
• 対象： 悪質な大口脱税の疑い（隠蔽額が数千万円〜数億円規模など）がある個人・企業
  
• 特徴： 裁判所の令状を得て行われる刑事手続きの一種です。事前連絡なしに調査に着手し、証拠資料を差し押さえます。検察庁に告発されると、刑事罰（拘禁刑や罰金）につながる場合があります。
  
  国税庁の公表資料によると、令和6年度に国税局査察部が強制調査に着手した件数は151件、検察庁に告発した件数は98件でした。年間数十万件に上る任意調査（実地調査と簡易な接触）と比べると、強制調査はごく一部です。一般的な事業者に来る税務調査のほとんどは、事前通知のある任意調査になります。

任意調査とは

• 担当部署： 各地の税務署（場合によっては国税局の実地調査部署）
  
• 対象： 一般の法人、個人事業主、その他確定申告を行った方全般
  
• 特徴： 申告内容が税法に基づき正しく行われているかを帳簿や書類で確認・指導するための一般的な手続きです。
  

【任意調査のポイント】事前通知と日程調整

任意調査の場合、原則として事前連絡なしで調査官が突然押しかけてくることはありません。あらかじめ税務署から「調査を実施したい」旨の電話（事前通知）が入ります。

通知時には、以下の内容が伝えられます。

税理士が「税務代理権限証書」を提出し、そこに「事前通知は税理士に対して行われることに同意する」旨を記載している場合は、税理士へ連絡がきます。この記載がない場合は、本人と税理士の両方に連絡が入ります。日時の都合が悪ければ、税理士を通じて調整を相談しましょう。

一般的な税務調査（任意調査）は、ペナルティを与えるためではなく「正しく申告できているかの確認」です。事前に連絡が入り、日程調整をしたうえで臨むことができるため、日頃から帳簿や各種書類（領収書・契約書・電子データ等）を整えておけば、過度に恐れる必要はないでしょう。

調査対象に選ばれやすいと言われる会社の傾向

税理士や専門家の間では、国税庁の分析システム（KSK：国税総合管理システム）等によるデータ分析によって、調査対象が選定されやすい傾向にあると言われています。

税務調査の選定基準は一切非公開となっています。「こうすれば絶対に来ない」「これをしたら必ず来る」という明確なルールがあるわけではありません。以下はあくまで一般的な傾向として参考にしてください。

① 数字の急変・同業比で不自然な利益率

前期と比較して売上や利益が著しく急増（あるいは急減）した会社は、その変化の理由を確認するために調査対象に選ばれやすいとされています。

また、同じ業種・同規模の会社と比較して「利益率が著しく低い」「原価率や経費率が不自然に高い」といったバランスの悪さも、データ上で目立ちやすくなる要因の一つとなるでしょう。

② 申告内容の不備・前回調査での指摘

過去の申告書において、計算ミスや記載漏れ、添付書類の不備が多い場合は「経理体制が不十分かもしれない」と判断されやすくなります。

さらに、前回の税務調査で大きな申告漏れや追徴課税があった会社は、数年後に改善状況を確認する目的で再度調査が入る可能性が高くなります。

③ 現金取引が多い業種・特定の取引形態

売上や経費のやり取りで現金が多く発生する業種（例えば、店舗で現金決済が多い業種など）は、取引の記録が残りにくく、帳簿と実際の取引が一致しているかを確認する必要性が高いため、調査の対象として意識されやすいと言われています。現金で取引をする場合は、レジの記録や日々の売上集計表、領収書の控えなどをきちんと残しておくことが大切です。

また、消費税の還付申告を行っている会社（輸出取引が多い会社や、大きな設備投資をした会社など）も、還付の内容が適正かを確認するために調査が行われやすい傾向があります。

④ 暗号資産取引など新しい取引形態を行っている個人

インターネット取引や暗号資産取引を行っている個人についても、調査の重点対象となる傾向が強まっています。

令和6事務年度のデータでは、暗号資産取引を行っている個人に対する調査1件当たりの追徴税額は745万円と、所得税の実地調査全体の平均に比べて約2.5倍に上っています。副業や投資として暗号資産を扱う方が増える中、今後さらに注目度が高まる分野といえるでしょう。

調査でよく指摘される項目

税務調査が入った際、調査官が重点的にチェックするポイントはある程度決まっています。最近の税制改正の動向も含め、指摘を受けやすい代表的な項目を押さえておきましょう。

チェック項目	主な指摘内容と注意点
売上計上時期（期末の期ずれ）	当期の売上であるにもかかわらず、来期の売上として処理していないか（期末の出荷・納品完了分の計上漏れ）が見られます。
経費の私的按分（家事関連費）	個人事業主や少人数の法人において、事業用とプライベート用が混ざった経費（家賃、水道光熱費、車両費、交際費など）の按分比率が妥当かどうかが問われます。
人件費 （架空人件費・役員報酬）	勤務実態のない家族や知人に対する「架空給与」の支払いがないか。また、法人税法上のルール（定期同額給与など）を満たさない役員報酬の変更・損金算入がないかが見られます。
在庫 （棚卸資産の計上漏れ）	期末時点で残っている商品や材料などの「在庫」が適切にカウントされ、経費から除外（棚卸資産へ振替）されているかどうかを見られます。
電子取引データ・インボイス要件	電子メールやWeb上でやり取りした請求書・領収書が適切に保管されているか。また、消費税の仕入税額控除において相手方のインボイス登録番号が正しく確認できているかが確認されます。
外注費と給与の区分	外注先が実質的に自社の指揮命令下にいる場合、給与と認定される可能性があります。給与認定されると消費税の仕入税額控除の否認と源泉所得税の徴収漏れが同時に発生し、影響が大きい論点です。
源泉徴収漏れ	個人への報酬（デザイナー、講師、士業など）に対する源泉徴収の失念は、非常によくある指摘です。

フリーランスの経費上限と判断基準については下記の記事で詳しく解説しています。

日頃からできる備え（証憑保存・電帳法対応・規程の整備）

いつ税務調査が入ってもスムーズに対応できるよう、日頃から帳簿を正しく管理し、準備を整えておくことが最も効果的な税務調査対策となります。

証憑（しょうひょう）書類・電子取引データの確実な保存

領収書や請求書は保存義務があります。また、メールやWebサイトからダウンロードした電子請求書・領収書は、「電子データのまま保存する」ことが義務付けられています。

※電子取引データにおいて隠蔽や改ざんがあった場合、重加算税が10%加算されるペナルティ規定もあるため、データ管理の運用ルールを整理しておくことが重要です。

議事録や社内規程の作成・保存

役員報酬の決定・変更、役員賞与の支給、退職金の算出などについては、株主総会や取締役会の議事録を必ず作成して残しておきます。出張旅費や慶弔見舞金などを経費処理する場合は、根拠となる「出張旅費規程」「慶弔規程」があらかじめ保存されていることが税務トラブルを防ぐための条件となるでしょう。

会計処理ルールの一貫性

毎年・毎月の会計処理において、勘定科目の分類や経費の家事按分比率などが不規則に変更されていると、税務署からの疑問を招きやすくなります。一度決めたルールは合理的な理由がない限り継続し、処理に一貫性を持たせることが大切です。

調査の流れと当日の対応

実際に連絡が入った場合、具体的にどのような手順で調査が進むのでしょうか。あらかじめ全体の流れを知っておくだけで、突然の連絡にも慌てず落ち着いて対応できるでしょう。

事前通知(数週間前) 　→ 　事前準備　→　 実地調査(1〜3日間) 　→　結果通知・対応

STEP 1：事前通知（調査の数週間前）

税務署から電話などで連絡が入ります。調査日時、対象となる税目、対象期間（通常は過去3年分〜5年分）、調査担当官の氏名などが通知されます。

顧問税理士がいる場合は、税理士に対して直接通知（代理受領）が届くよう事前に手続き（税務代理権限証書の提出）をしておくことが一般的です。

STEP 2：事前準備

指定された対象期間の総勘定元帳、売上・仕入の伝票、領収書、契約書、通帳、請求書（電子データ含む）などを整理し、スムーズに提示できるよう準備します。

STEP 3：実地調査（当日〜1・2日間）

事業概要のヒアリング、事業の流れ、帳簿や書類・PCデータの精査、現物（金庫や在庫など）の確認を行います。

調査官からの質問には「事実のみを正確に答える」ことが重要です。わからないことや記憶があいまいなことに対して、適当な回答や推測で答えることは避け、「確認して後ほど回答します」と伝えるのが正しい対応となります。

STEP 4：結果通知と修正申告

実地調査が終わった後、税務署内での検討を経て結果が連絡されます。

申告是認（問題なし）： 「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」が届き、調査は終了します。

指導・修正申告： 調査官から調査結果の説明があり、修正申告をするよう勧められます（勧奨）。勧奨に応じて修正申告をすると、不足分の税金と加算税・延滞税を納付して終了します。修正申告をした場合は不服申立てはできませんが、更正の請求はできます。勧奨に応じない場合は、税務署が更正を行い、その内容に不服があれば不服申立てができます。

税理士の立ち会いがあると何が違うか

「税務調査は経営者ひとりでも対応できるのか？」という疑問を持つ方もいるでしょう。税理士に立ち会いを依頼することで、リスクや負担を抑えやすくなります。

顧問税理士がいる、あるいは税理士に立ち会いを依頼することで、以下のような大きな違いが生まれます。

税理士に依頼できる内容や顧問費用については、以下の記事で詳しく解説しています。

まとめ

税務調査＝ペナルティを受ける場というイメージを持つ方も多いですが、決してそうではありません。 公正な課税を維持するための仕組みであり、日頃から正しい帳簿管理ができていれば、過度に身構える必要はありません。

この3点を心がけておくことで、万が一の税務調査の連絡にも焦らず対応できるようになります。

弊事務所では、日頃の記帳指導や節税対策から、税務調査の事前準備・当日の立ち会い・交渉までトータルでサポートいたします。

「過去の申告内容に不安がある…」

「税務署から突然調査の連絡が来たらどうすればいいか分からない」

そんな不安や疑問をお持ちの方は、初回無料相談窓口までお気軽にご相談ください。

弊事務所においても、個人事業主・フリーランスや法人化などの税務申告・開業全般サポートに力を入れておりますので、疑問点や不安がある方は初回無料の相談窓口まで、お気軽にお問い合わせください。